1996年の米国ボストンにて、大竹重寿 (Dr. & Per.)、コスガツヨシ (Gt. & Bass)、金子巧 (Key.) が出会いセッションを始める。
1999年、帰国後にLoop Junktionを結成。1枚のミニアルバム、2枚のフルアルバムをリリースするが惜しまれつつも2004年に活動停止。同年、進化した3人が原点に立ち返り、cro-magnonとして活動開始。ステージの大小を問わずオーディエンスを必ず踊らせる演奏が韓国や東南アジアでも人気爆発。
2009年、2度目のヨーロッパツアーを成功させ、同年8月に通算4枚目のフルアルバム「4U」をリリース。
2010年12月、cro-magnon初となる全曲ヴォーカリストとのコラボレーションアルバム「joints」(参加アーティスト: 土岐麻子、さかいゆう、七尾旅人、Roy Ayers、TWIGY、GAGLE、鎮座ドープネス、S.L.A.C.K. & PUNPEE、MC KAN、三宅洋平、有坂美香、Steve Spacek) をリリース。
2012年4月、初のベストアルバム「THE BEST」をリリース。同年7月には人気漫画「へうげもの」とのコラボレーションアルバム「乙」をリリース。吉幾三をフィーチャリングした楽曲等で新境地を見せる。
2013年、3度目のヨーロッパツアーを敢行し、その記録映像がTHE NORTH FACEの公式YouTubeチャンネルにアップされ話題になる。
2014年7月には、5枚目のオリジナル・アルバム「Ⅴ」をリリース、全国40ヵ所以上のツアーを成功させる。
2016年、RHYMESTERのDJ JINとのジョイントプロジェクト、cro-magnon-jinとしてのアルバムをリリース。
2019年3月、ニュー・アルバム「cro-magnon city」がリリース予定。新しい価値観の創造に向けて今後の活躍が期待される。